Este  cuerpo de agua constituye la divisoria de la cuenca del Río Boconó, con la Microcuenca quebrada “El Salvaje”, de la Subcuenca Río Saguás,  perteneciente a la cuenca del Río Guanare.

El aliviadero de la Laguna de Agua Negra se localiza donde un tramo de la Carretera Troncal T007 intercepta el pequeño curso de régimen permanente que alimenta a la misma, que aguas abajo desemboca directamente en el cauce del Río Boconó, en su margen izquierda.